新课程提高植物育种数据技能

2024-11-22 12:11来源:本站编辑

通过康奈尔大学作物改良饲料未来创新实验室(ILCI)的一门新的在线课程,植物育种者可以获得高级数据分析技术的专门培训。该课程今天在康奈尔大学启动,为学员提供管理和分析大型植物育种数据集的基本技能,包括识别重要遗传性状和评估植物育种试验的技术。该项目向参与者介绍了强大的数据可视化和分析工具,帮助加强世界各地植物育种项目的研究能力。

由ILCI遗传学和信息学专家开发,由康奈尔大学讲师授课的在线课程“R和植物育种:在JupyterLab中分析大型表型和基因型数据集,介绍”是为资源有限的科学家量身定制的,这些科学家管理着对现代植物育种计划至关重要的日益庞大和复杂的数据集。

ILCI生物和计算科学副主任Bethany economoply说:“管理和分析大型数据集所需的先进技能对于植物育种者在作物改良计划中取得持续的遗传收益至关重要。”“这门课程旨在通过为研究人员提供有关工具、技术和方法的实践培训来满足这一需求,这些培训将提高他们在世界各地推进作物改良项目的能力。”

来自哥斯达黎加、马拉维、莫桑比克、塞内加尔、乌干达和美国的研究人员组成了这一首届队列的参与者,他们将获得基本工具的实践经验,包括R编程语言、JupyterLab的计算笔记本和rTASSEL,以及对全基因组关联分析(GWAS)和混合模型方法的见解。rTASSEL由Buckler实验室开发,部分由ILCI资助,是广泛使用的用于分析基因组多样性的TASSEL软件的R接口。

本课程包括三个综合模块,包括在JupyterLab中记录和执行代码,执行GWAS,以及应用混合模型进行遗传评估。每个模块都包括互动教程和分级作业,以确保学习者对材料有很强的掌握。

综合植物科学学院植物育种和遗传学副教授凯利·罗宾斯说:“这门课程反映了我们对发展基因组学、表型学和数据分析技能的持续承诺,这对全世界的植物育种者来说是必不可少的。”“这项培训支持康奈尔大学的赠地使命,即分享知识和促进创新,确保世界各地的植物育种者和农业社区获得这些重要技能。”

布兰登·莫尼尔是巴克尔实验室的国际基因组信息学家,也是rTASSEL的首席开发者和创造者,他说:“这个项目向当前和未来的研究人员教授先进的数据科学概念。我们的目标是为植物育种者揭开这些技能的神秘面纱,支持改善粮食安全和作物抗灾能力的全球努力。

ILCI为该课程提供全额资助,使学员能够免费参加培训,这反映了ILCI继续致力于提高“保障未来粮食安全”国家及其他地区的研究能力。第一批研究人员来自以下机构:乌干达国家半干旱资源研究所、乌干达利隆圭农业与自然资源大学、哥斯达黎加国立Innovación与Tecnología农业转移研究所、塞内加尔CIMMYT、莫桑比克农业研究所、塞内加尔农业研究所、美国特拉华州立大学和克莱姆森大学。

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